Comissão Permanente de Licenciatura foi criada em 2001 pela então Pró-Reitora de Graduação, Profa. Dra. Ada Pelegrinni Grinover, coordenada em seu primeiro ano pela Profa. Dra. Sonia Teresinha de Sousa Penin, Pró-Reitora na época. A motivação inicial para sua instalação foi a exigência feita pelo Conselho Estadual de Educação, de um projeto de licenciatura a partir do qual esta Instituição poderia proceder a avaliação dos cursos superiores sob sua responsabilidade jurídica.
Na ocasião foram indicados representantes de todos os cursos de Licenciatura da USP que, juntamente com o DCE, deveriam redigir o documento a ser enviado ao Conselho Estadual de Educação.
A partir de sua criação, a Comissão Permanente se reuniu periodicamente durante 3 anos, em reuniões quase sempre semanais, para elaborar o Programa de Formação de Professores, exigindo, inclusive, o deslocamento de representantes dos campi do interior. Nesse documento, como uma das formas de organização e articulação das licenciaturas, foi proposta a Comissão Interunidades das Licenciaturas – CIL, como centro articulador da política de formação de professores desta Universidade. Tal Comissão, vinculada à Pró-Reitoria de Graduação, seria formada por docentes, representantes, de todas as Unidades que oferecem cursos de Licenciatura.
O Programa de Formação de Professores da USP, encaminhado à Pró-Reitoria de Graduação pela Comissão Permanente de Licenciaturas, atual Comissão Interunidades das Licenciaturas foi aprovado pelo Conselho de Graduação em 19.02.2004 e pelo Conselho Universitário em 25.05.2004.
A Pró-Reitora de Graduação da Universidade de São Paulo, Profa. Dra. Selma Garrido Pimenta, tendo em vista o deliberado pelo Conselho de Graduação em Sessões de 11.12.2008 e 15.10.2009 e pela Comissão de Legislação e Recursos, em Sessão de 13.10.2009, baixa o Regimento da Comissão Interunidades das Licenciaturas por meio da Resolução CoG-5.814, de 23.11.2009.